Die Anregungen zur Gründung eines Museums für kirchliche Altertümer und Kunstgegenstände reichen bis in die erste Hälfte des 19. Jhdts. zurück. Ab 1910 befanden sich das „Kirchliche Museum der Diözese Augsburg“ als Dauerleihgabe im Maximilianmuseum. 1989 beschloss das Domkapitel, im Nordflügel des Domkreuzgangs ein eigenes Museum zu errichten, das im Juli 2000 seine Pforten öffnete. Die Sammlung wird in fünf Räumen präsentiert, die unmittelbar an den Kreuzgang des Domes anschließen. Dafür stehen ein Neubau von 1995, zwei Räume aus den fünfziger Jahren sowie der alte romanische Kapitelsaal und die Schneiderkapelle von 1484 zur Verfügung. Im Museum sind die Funeralwaffen Kaiser Karls V., dessen Wahl 1519 Jakob Fugger finanziert hatte, zu besichtigen. Im benachbarten Mariendom erinnert der Canisius-Altar mit der Figur der Ursula Fugger an die Familie.