Früh stand hier ein Kirchlein gotischen Stils, das aber 1333 zerstört wurde. 1521 erscheint die neu gebaute Kirche erstmals wieder auf einem Stadtplan als Klosterkirche der Dominikanerinnen. 1528 wurde das Kloster aufgehoben, die Kirche St. Margareth erneut zerstört. Als das Kloster 1548 wieder an die Dominikanerinnen zurückgegeben wurde, erfolgte der Kirchenneubau und wurde vom angrenzenden Heilig-Geist-Spital genutzt. Die barockisierte Innenausstattung von 1720 ist bis heute erhalten geblieben. Zuletzt wurden 2010 Dach und Fassade der Kirche renoviert.