Die Barfüßerkirche wurde 1243 von Franziskanermönchen inmitten des Augsburger Lechviertels errichtet. Den Romanik Nachfolgebau aus dem Jahr 1256 vernichtete ein Brand bereits im Jahr 1398. Von 1407 bis 1411 wurde sie als einschiffige gotische Basilika wiederaufgebaut. Bereits Anfang des 16. Jhdts. zu einer evangelischen Pfarrkirche erhoben, erfolgte in den Jahren 1724-1760 die Umgestaltung nach spätbarockem Zeitgeschmack.
Im 2. Weltkrieg wurde die größte evangelische Kirche Augsburgs zerstört. Die Inneneinrichtung - darunter die prunkvolle Orgel von Johann Andreas Stein - ging in den Flammen verloren. Der in seiner Architektur erhaltene Mönchschor dient heute als Pfarrkirche und beherbergt die wenigen geretteten Ausstattungsstücke. Bis zum Jahr 1951 wurde die Kirche in vereinfachter Form wiederaufgebaut.