Die Geschichte des Benediktinerstifts St. Stephan geht auf zwei Wurzeln zurück: Die Benediktinerabtei St. Ulrich und Afra (1012-1803) und das Damenstift St. Stephan (969 von Bischof Ulrich gegründet). 1828 eröffnete König Ludwig I. in den Gebäuden des Damenstifts eine katholische Studienanstalt als Nachfolgeinstitut des Jesuitenkollegs St. Salvator. 1835 übertrug er die Anstalt einer neu gegründeten Benediktinerabtei, der ersten nach der Säkularisation in Bayern.1835 zogen 32 Mönche aus 16 verschiedenen Klöstern in den Konvent. Im Zweiten Weltkrieg fast völlig zerstört, wurden Kirche und Kloster 1950-1975 als moderner Gebäudekomplex wiedererrichtet. Heute leben im Kloster 13 Mönche.