Eine 1080 niedergebrannte Jakobskapelle ist bereits vor 1000 als Treffpunkt der Pilger nach Santiago de Compostela bezeugt. Die Kirche an ihrem heutigen Standort wurde 1355 fertiggestellt. St. Jakob öffnete sich 1521 als erste Augsburger Kirche der Reformation, blieb aber bis 1632 Filialkirche der Barfüßerkirche. Während der schwedischen Besatzung wurde sie ab 1633 zur selbstständigen evangelisch-lutherischen Pfarrei erhoben und war nach dem Westfälischen Frieden (1649) endgültig protestantisch. 1944 wurde die Kirche völlig zerstört, der Wiederaufbau erfolgte ab 1947. 1973 wurden Empore, Kanzel und drei bunte Glasfenster im Chor eingebaut, 1975 die historische Turmhaube rekonsturiert. 1988 folgte die Generalsanierung. Der Brunnen mit dem Heiligen Jakobus und einer Pilgergruppe wurde 1994 von Prof. Bernd Altenstein aufgestellt.