Ende des 16. Jarhundertes kamen die Franziskaner nach Augsburg. Auf eine Grundstücksschenkung der Familie Fugger 1609 hin, wurde 1613 die Franziskanerkirche und die Heilig-Grab Kapelle gebaut und geweiht. 1614 zog der Konvent in das neue Kloster und wurde eines der wichtigen Zentren der Seelsorge in der Stadt. Mit der Säkularisation wurde der Konvent 1807 aufgehoben, aber auf Druck der katholischen Bevölkerung wurde 1809 die Kirche zur Pfarrkirche der Jakobervorstadt bestimmt. 1944 zerstört, wurde die Kirche nach dem Krieg als erste in Süddeutschland wiederaufgebaut und von Dominikus Böhm fertiggestellt.