Um 1601 hatten sich die Kapuziner in Augsburg in der Oberstadt angesiedelt. Das bedeutende Kloster kümmerte sich 1607 stark um die Pestkranken. 1612 wurde daher von Elias Holl die Sebastianskapelle neben dem Pestfriedhof vor dem Stephingertor errichtet. Diese wurde im Schwedenkrieg zerstört, jedoch an gleicher Stelle wieder aufgebaut und erweitert. Auf Betreiben der Bürgerschaft wurden nach der Säkularisation 1843 wieder Kapuziner an die Sebastianskirche berufen. 1908 entstanden neue Gebäude im Stil der Neo-Romanik. Sie wurden 1996 umfassend restauriert. 2008 wurde der Konvent in Augsburg geschlossen. Um die Kirche kümmert sich heute noch die Sebastiansbruderschaft.