1457 ursprünglich als Vorhalle der Abteikirche St. Ulrich eingerichtet, diente die Ulrichskirche Wallfahrern als Kaufstätte und höheren Bürgern als Grablege. Mit dem Neubau der Basilika 1500 erhielt aber auch sie ihr endgültiges Aussehen und wurde Gemeindekirche. Zu Beginn der Reformation und der Confessio Augustana wurde sie evangelisch, wechselte jedoch bis zum Westfälischen Frieden noch einige Male den Besitz und wurde dann 1648 endgültig protestantisch.
Im 17. Jhdt. wurde die Kirche grundlegend im Stil des Barock umgestaltet, erhielt einen neuen Dachstuhl und eine gewölbte Stuckdecke von Matthias Lotter. Den 2. Weltkrieg überstand die Kirche unbeschadet. 2002 musste sie jedoch aufgrund akuter Einsturzgefahr der Decke geschlossen werden. Nach viereinhalbjähriger Umbauzeit mit einer aufwändigen Sanierung konnte sie in alter Pracht wieder hergestellt und im Mai 2007 eröffnet werden.